PGĐT - Chùa được dựng vào khoảng thế kỷ XVIII. Sách Sổ tay hành hương đất phương Nam (NXB. TP. Hồ Chí Minh, 2002) cho biết nhà sư Nguyễn Đăng ở Phú Xuân vào Nam lập chùa ẩn tu. Kế tục là Thiền sư Tịnh Châu.
Chùa được vua Gia Long ban Sắc tứ vào năm 1803 dưới thời Thiền sư Từ Lâm trụ trì. Kế tục trụ trì là chư vị Thiền sư: Từ Tâm, Minh Phước, Minh Tịnh, Như Lý, Thiên Trường, Chánh Viên, Thiên Truyền, Chơn Hòa, Phước Chí, Quảng Minh, Quảng Luận.
Sau khi Thiền sư Nguyễn Đăng viên tịch, trên đường đi hoằng hóa, Thiền sư Tịnh Châu (? - ?) đến đây rồi ở lại tu tập. Sau đó, thảo am được trùng tu lớn hơn, nhưng cũng chỉ bằng cây lá đơn sơ. Trong thời kỳ của sư, có 10 vị tăng sĩ đến xin học đạo. Vì thế, để có chỗ cho họ tu học, sư đã cho dựng thêm tăng đường bằng cây lá ở phía tây, đồng thời còn cho đào ao chứa nước bên phía đông để tăng chúng dùng trong mùa hạn.
Năm 1803, Thiền sư Tiên Thiện Từ Lâm (1780-1859, thuộc phái Lâm Tế đời thứ 37), từ chùa Sắc Tứ Long Tuyền tự (năm 1830, đổi tên là Sắc tứ Linh Thứu tự) ở Thạnh Phú (Châu Thành, Tiền Giang) đến trụ trì. Cũng trong năm này, ngôi chùa được vua Gia Long phong là Sắc tứ Bửu Hương tự. Tương truyền, có lần (không rõ năm) bị quân Tây Sơn đánh đuổi, chúa Nguyễn Phúc Ánh (về sau là vua Gia Long) đã phải chạy vào chùa trú ẩn. Nhớ ơn, nên sau khi lên ngôi, chúa Nguyễn đã ban biển sắc tứ cho chùa, đồng thời phong cho sư Tiên Thiện Từ Lâm là Từ Dung hòa thượng. Sau đó, từng bước nhà sư đã cho xây dựng ngôi chùa đơn sơ thành một ngôi đại tự kiên cố bằng cây gỗ quý.
Mãi đến đời trụ trì thứ 8 là Đại sư Như Lý Thiên Trường (1887-1969), chùa lại được trùng tu lớn. Trong những năm 1909-1911, sư đã cho sửa sang Chánh điện, chạm trổ thêm bao lam Thần vọng, biển thờ, hoành phi, câu đối... Đồng thời, nhà sư cũng cho chỉnh sửa lại khu mộ tháp và trồng thêm cây cảnh, làm cho ngôi chùa thêm đẹp đẽ và uy nghiêm. Sau đó, sư giao chùa lại cho đệ tử là Nguyên Nghiêm Thiện Truyền (? - ?), rồi trở về tu ở chùa Bửu Lâm (nay thuộc phường 3, thành phố Mỹ Tho).
Trong kháng chiến chống Pháp, ngày 3 tháng 7 năm 1947, chùa bị máy bay Pháp đến ném bom làm hư hại rất nhiều, trong đó phần nhà Hậu Tổ bị sụp đổ hoàn toàn.
Năm 1950, tăng chúng góp công, góp của trùng tu các chỗ bị hư hại, dựng lại nhà Hậu Tổ, đồng thời thu gọn lại Đông lang và Tây lang.
